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国民の健康に影響を及ぼす感染症の侵入を防ぐため、海外から来る船舶や飛行機を入国前に検査する。もしも感染症患者を発見した場合はすみやかに隔離や消毒などを行い、動物や貨物についても病原体の有無をチェックし、防疫措置を行う。船舶の検疫は、検疫エリアに停船した船舶に検疫官が乗船して確認するが、病原体汚染のおそれがない船舶であれば無線通報で入港を許可する。飛行機の検疫では、検疫官が機内に乗り込み確認するケースと、検疫を行うためのブースで個別に感染症発生の有無を検査するケースがある。そのほかにも、感染症を媒介するネズミ・蚊・ダニなどの調査を船舶や飛行機で行ったり、航空機に搭載された機内食や飲料水の調査、港の海水の調査も実施したりする。また、海外旅行者に対する健康相談や感染症の予防接種なども検疫官の業務。日本では流行していない感染症の侵入を阻止するという大きな責任を担う仕事である。

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