企業について、私なりに整理してみました。

法人━┳━　営利法人　━━━　会社　━┳━　株式会社
　　　┃　　　　　　　　　（≒企業）　┣━　有限会社
　　　┃　　　　　　　　　　　　　　(省略)
　　　┃
　　　┗━　非営利法人━┳━　学校法人
　　　　　　　　　　　　┣━　医療法人
　　　　　　　　　　　　┣━　宗教法人
　　　　　　　　　　　　┣━　財団法人
　　　　　　　　　　　(省略)

上記のような関連性になるかと思います(正確に言うと、違うという部分があるかも・・・)。この区分は、商法や民法などの法律によって定義されたものの分類とになります。

上記の非営利法人とは、一般的に「営利を目的としないもの」という定義がよく知られていますよね。
でも、よーく考えてみてください。
学校法人、つまり私立の学校ですよね。経営破たんした学校ありますよね。
医療法人、つまり病院ですよね。これまた、経営破たんした病院ありますよね。
ということは、非営利法人といっても、儲けをある程度上げて、法人を継続することが出来なければ(赤字を出し続けると)、つぶれてしまうということです。
非営利というのは、利益を出す行為をしないということではなく、株主配当を主な目的としない法人ということでしょうか。それに対して、営利法人は出資者(例えば株主など)に利益を還元することを目的としています。だから、自社株で大金持ちとなっている経営者がいたり。株を所有していて儲けた人いるでしょう。これらは、非営利法人では出来ないことです。

就職活動で就職先とみる場合には、特に法人の形態を意識する必要はないのではないでしょうか。営利法人、非営利法人ともに、利益が出なければつぶれるわけですから。ただし、ストックオプションなどのインセンティブがある会社がいいという場合は別ですけどね。
まずは、自分のやりたいことができる、自分がそこで仕事がしやすい、そんな就職先を探せばよいのではないでしょうか。
頑張ってください。